プロジェクトウィンドウで、C#スクリプトやシェーダをダブルクリックして開くと、毎回別々のVisual Studioが起動してしまうときの対処法２つです。
設定ファイルの削除
プロジェクトがあるフォルダの中ある「＊＊＊.csproj」「＊＊＊.sln」という名前のファイルを削除します。Unityを再起動してみて挙動を確認してみてください。
Unityの設定フォルダの削除
↑の設定ファイル削除ではうまく行かなかった場合。AssetsフォルダとProjectSettingsフォルダを残して、それ以外のフォルダ（Library、Logs、obj、Packages、Temp、UserSettingsなど）を全削除。からのUnityを再起動でチェック。
原因について
Visual Studioが複数個起動する現象は、Unity全体の問題というよりも、プロジェクト単位で起こる現象のようです（別のプロジェクトでは複数起動しない場合もある）特にUnityのバージョンをコンバートしたプロジェクトで起こりやすい気がします。
